作为E.coli B宿主菌，主要用来进行蛋白表达，细胞内缺少lon蛋白酶和ompT外膜蛋白酶，能够有效避免目的蛋白的降解。

当使用CE6噬菌体启动子时，BL21感受态细胞对目的蛋白在未诱导情况下的蛋白表达严密控制，但是其诱导表达效率不像DE3系列宿主菌，例如BL21(DE3)，那么高。相对于DE3系列宿主菌，BL21宿主菌的诱导方法也是比较麻烦。

T7启动子下游的目的蛋白在非DE3溶源宿主菌中，例如BL21菌株中，可以通过感染lambda (λ) CE6噬菌体而诱导目的蛋白表达。lambda (λ) CE6能够表达T7聚合酶，这能够有效启动T7启动子下游基因的转录，所以可以诱导目的基因表达。